Naukowcy z Uniwersytetu Nawarry w Hiszpanii stworzyli RNACOREX, narzędzie open-source do identyfikacji sieci genów powiązanych z przeżywalnością w chorobach nowotworowych.
Jak działa RNACOREX
Oprogramowanie, opracowane przez Instytut Nauki o Danych i Sztucznej Inteligencji (DATAI) we współpracy z Cancer Center Clínica Universidad de Navarra, analizuje jednocześnie tysiące cząsteczek biologicznych. Pozwala to na wykrycie kluczowych interakcji molekularnych, często pomijanych przez tradycyjne metody. Tworząc przejrzystą i zrozumiałą „mapę” molekularną, RNACOREX pomaga badaczom lepiej zrozumieć funkcjonowanie guzów nowotworowych.
Narzędzie zostało zaprojektowane w celu rozwiązania problemu identyfikacji złożonych sieci regulatorowych w komórkach, w których komunikują się m.in. cząsteczki miRNA i mRNA. Zaburzenia w tych sieciach mogą prowadzić do rozwoju raka. RNACOREX integruje dane z międzynarodowych baz biologicznych z rzeczywistymi danymi o ekspresji genów, aby precyzyjnie wskazać interakcje molekularne powiązane z chorobą.
Dokładność i przejrzystość wyników
Skuteczność oprogramowania przetestowano na danych z trzynastu różnych typów nowotworów, w tym raka piersi, jelita grubego, płuc, żołądka, czerniaka oraz guzów głowy i szyi. Dane pochodziły z międzynarodowego konsorcjum The Cancer Genome Atlas (TCGA). Wyniki pokazały, że narzędzie przewidywało przeżycie pacjentów z dokładnością porównywalną do zaawansowanych modeli sztucznej inteligencji.
Kluczową przewagą RNACOREX jest jednak interpretowalność wyników. W przeciwieństwie do wielu systemów AI, określanych jako „czarne skrzynki”, oprogramowanie dostarcza jasnych wyjaśnień dotyczących interakcji molekularnych leżących u podstaw prognoz. Umożliwia to identyfikację nowych celów diagnostycznych i terapeutycznych, co może przyspieszyć badania nad leczeniem raka.
Platforma open-source dla badaczy
RNACOREX jest darmowym oprogramowaniem typu open-source, dostępnym na platformach GitHub i PyPI. Zawiera zautomatyzowane narzędzia do pobierania baz danych, co ułatwia jego integrację w laboratoriach i instytucjach badawczych. Projekt otrzymał częściowe finansowanie od rządu Nawarry oraz w ramach programów ANDIA 2021 i ERA PerMed JTC2022 PORTRAIT.
Zespół z Uniwersytetu Nawarry już pracuje nad rozszerzeniem możliwości oprogramowania. Planowane jest dodanie analizy szlaków sygnałowych oraz nowych warstw danych o interakcjach molekularnych. Celem jest stworzenie modeli, które jeszcze pełniej wyjaśnią biologiczne mechanizmy stojące za wzrostem i progresją nowotworów, wspierając rozwój medycyny precyzyjnej.
Źródło: https://www.sciencedaily.com/releases/2025/12/251221043216.htm
